任何水利水電工程對生態與環境的影響都是有利有弊的。規模巨大的三峽工程呢？經過設計過程中的反復論證，加上大壩蓄水后幾年來的嚴密觀測，我們可以毫不猶豫地得出這樣的結論：總體來看利大于弊。
三峽工程對生態與環境的影響有利有弊，且影響的時空分布不均勻。其影響自工程準備期開始，會持續很長時間。有些影響如施工的影響只在一定時期內發生作用，而有些影響如泥沙淤積等則長期存在，并具有累積性。不同時段受影響的因子和強度不同，年內各月影響變化與水庫水位調控密切關聯。在空間分布上，有利影響主要在中游，而不利影響主要在庫區，但主要的不利影響大多數在采取對策和措施后可得到減免。
有利影響主要有：
1、可有效控制長江上游洪水，提高長江中下游特別是荊江河段的防洪能力，有效地減免洪澇災害帶來的生態與環境的破壞，減緩洞庭湖的淤積和萎縮；
2、提高長江中下游的抗旱能力，大旱之年能為中下游提供生活供水和生態補水。有利于珍稀特有魚類越冬，減少上海市飲用水源受咸潮影響時間；
3、增加長江中下游枯水期流量，有利于改善枯水期水質和增加航道水深，并可為南水北調提供水源條件；
4、三峽水電站利用水能資源發電，與燃煤發電相比，可年均減少排放6435萬噸二氧化碳，77萬噸二氧化硫，37萬噸氮氧化物（2010年折算數）；
5、三峽水庫成為深水航道，航運成本與能耗大大降低，拖載能力大大提高，成為典型的節能減排“綠色航線”。
不利影響主要有：
1、水庫淹沒耕地、移民和城鎮遷建，會加劇庫區人多地少的矛盾，并由此可能加劇植被破壞和水土流失；
2、建庫前庫區工業和生活廢水年排放量已超l0億噸，沿江城鎮的局部江段已形成了較嚴重的污染帶。建庫后，庫區水體流速減緩、復氧和擴散稀釋能力下降，水體的自凈能力減弱，若不加強污染源治理，將加重局部水域污染；
3、改變庫區及長江中下游水生生態系統的結構和功能，一些珍稀、瀕危物種的生存條件受到影響，對四大家魚的自然繁殖可能會帶來不利影響；
4、三峽水庫運行后，長江中下游河道出現沖淤變化，上游重慶市江段部分泥沙淤積。
為了把不利影響降到最低限度，國家采取了多種有效措施。比如，外遷了19.6萬農村移民，依法破產關閉了1102戶污染嚴重的受淹企業，每個城市、縣城、集鎮都建設了污水處理廠和垃圾填埋場，實施了工礦企業準入制度，工礦企業生產廢水必須達標排放，水庫內（包括支流）嚴禁網箱養魚；水庫蓄水前進行了嚴格的庫底清理，因此從未發現鼠疫、霍亂病例和血吸蟲宿主釘螺的存在；對瀕危生物（包括植物和水生生物）采取了效果顯著的搶救措施，建立了生態環境多種因子的監測網。
監測成果顯示：三峽庫區及相關區域的生態環境質量總體良好。水庫水質基本穩定在Ⅱ、Ⅲ類水平（經過自來水廠的處理可供飲用），目前出現的生態與環境現象未超出環境影響預測的范圍。
但也應該意識到：三峽工程對庫區的不利影響及其防治，是一項長期而艱巨的任務。需要針對庫區特殊的生態與環境保護要求，制定相應的發展和考核目標，建立生態補償機制，走出一條生態環保與經濟社會發展的雙贏道路。
1993年9月27日，為興建三峽工程、治理長江水患，經國務院批準，中國長江三峽工程開發總公司正式成立。2009年9月27日，更名為中國長江三峽集團公司。2017年12月28日，完成公司制改制，由全民所有制企業變更為國有獨資公司，名稱變更為中國長江三峽集團有限公司（以下簡稱三峽集團）。在黨中央、國務院的堅強領導下，三峽集團歷經30多年持續高質量發展，現已成為全球最大的水電開發運營企業和我國領先的清潔能源、生態環保集團，是國務院國資委確定的首批創建世界一流示范企業之一。
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